Meistens ist Karies die Ursache, wenn die Zahnwurzel behandelt werden muss. Die Bakterien, die für die Zerstörung der Zahnsubstanz verantwortlich sind, haben sich einen Weg in das Zahninnere geschaffen und sind bis zu den Kanälchen in der Zahnwurzel vorgedrungen.
Jede Zahnwurzel hat mindestens einen Kanal, der mit Gewebe (Nerv, Blutgefäße, Lymphgefäße und Bindegewebe) gefüllt und am unteren Ende offen ist. Damit ist die Verbindung des lebenden Zahnmarks mit dem Körper hergestellt und der lebensnotwendige Stoffwechsel gesichert. Aufgabe des Gewebes ist die Versorgung der Odontoblasten an den Rändern des Wurzelkanals. Odontoblasten sind Körperzellen, die die Zahnhartsubstanz (Dentin) bilden.
Dringen Bakterien in dieses Gewebe ein, entsteht eine Entzündung, die Gefäße dehnen sich aus, finden dafür in dem engen Raum aber kaum Platz und drücken deshalb auf den Nerv: Kein Wunder, wenn dadurch heftigste Schmerzen entstehen! Wird nicht rechtzeitig eingegriffen, sucht sich die Entzündung einen Weg und kann (innerhalb weniger Stunden bis zu ein paar Tagen) über den Kieferknochen bis ins Weichgewebe wandern: Eine "dicke Backe" (Abszess) entsteht. Im schlimmsten Fall können die Bakterien von dort aus Richtung Herz wandern oder ins Gehirn und zu schweren Erkrankungen führen. Wurzelentzündungen können sich auf den ganzen Organismus auswirken.
Auch nach Unfällen, wenn dadurch Teile eines Zahnes abgebrochen sind, ist oft eine Wurzelbehandlung und nachfolgende Weiterversorgung mit Zahnersatz nötig.
